Факультет биотехнологии и промышленной экологии (БПЭ) был основан на базе первого в стране инженерного экологического факультета 4 декабря 1989 года. Организация факультета явилась логическим следствием активного развития экологических исследований, как в мире, так и в России.

Видная роль в становлении и развитии факультета принадлежит члену-корреспонденту РАН, профессору Г.А. Ягодину. По его инициативе в 1983 г. была создана первая в стране кафедра промышленной экологии.

В системе «Человек и биосфера» основные конфликтные и кризисные ситуации могут быть решены лишь путем создания экологически целесообразных технологий. Будущий специалист должен обладать не только комплексом знаний в области фундаментальных химических наук, но и знать основы экологии, биохимии, токсикологии, экологического нормирования и проектирования, физико-химических основ защиты биосферы, эколого-экономической экспертизы и биотехнологии.